电力系统继电保护干扰原因及其防护是一个复杂的问题，涉及到电磁兼容、通信干扰、系统故障等多个方面。以下是一些常见的电力系统继电保护干扰原因及其防护措施：

互感器饱和：在电力系统中，电流互感器是一种非常重要的设备，用于测量和控制电流。当输电网正常运行时，电流互感器的运行误差通常会使短路电流加倍，从而影响整个保护装置的灵敏度，最终导致保护动作失败。为了避免互感器饱和，可以采取一些措施，如减少负载、合理选择互感器型号和容量、加强继电保护运行管理等。

继电保护工作不完善：继电保护是保障电力系统安全稳定运行的重要环节。然而，目前电力系统继电保护工作还存在一些不足，如继电保护装置的设计、制造、安装、调试等方面的问题，导致继电保护工作不完善，无法有效地消除设备故障带来的影响。为了避免继电保护工作不完善，可以加强继电保护装置的运行管理，提高继电保护工作人员的技术水平，加强继电保护设备的维护和检修工作等。

智能终端的故障处理技术缺陷：在智能变电站继电保护运行过程中，如果智能终端或合并单元终端出现故障缺陷，也会导致继电保护装置出现问题，难以实现系统的安全稳定运行。为了解决这一问题，需要加强对故障处理技术的合理运用，对故障原因进行分析与研究，从而确保继电保护装置能够正常发挥作用。

防护电力系统继电保护干扰的措施包括：加强电磁干扰的防护，采取屏蔽、滤波、接地等措施，降低电磁干扰的影响；加强通信干扰的防护，采取加密、屏蔽、滤波等措施，降低通信干扰的影响；加强系统故障的防护，采取系统稳定性分析、设备选型等措施，避免系统故障对继电保护装置的影响。